Změna politických poměrů v listopadu 1989 vedla k nebývalému rozšíření výuky a k zavedení nových humanitních oborů na naší fakultě. Konkrétně se jednalo o obory lékařská psychologie, psychoterapie, psychosomatika, dále pak o lékařskou etiku a filozofii medicíny. U zrodu příznivých změn stáli: Dr. phil. Jiří Němec, Doc. MUDr. PhDr. Jan Payne, PhD. a MUDr. Radkin Honzák, CSc.
Na fakultě se postupně zformoval Ústav pro humanitní studia v lékařství, jenž se zabývá výukou zmíněných disciplin, jejich teoretickým rozvojem a výzkumem. Prvým přednostou ústavu byl Dr.phil. Jiří Němec, po něm následoval Doc. MUDr. PhDr. Jan Payne, PhD. , od r. 1998 do 2008 byl přednostou ústavu prof. PhDr. Jan Vymětal, v současné době je to doc. ThDr. Václav Ventura, Th.D.
Ústav pro humanitní studia v lékařství má tato oddělení:
Významnou událostí pro ústav bylo přidělení výzkumného záměru s názvem „Cíle medicíny: kvalita života“ v r. 1998 (odpovědný pracovník Doc. MUDr. PhDr. Jan Payne, PhD.), jenž m.j. umožnil zřízení psychofyziologické laboratoře a zavedení klinické formy výuky lékařské etiky a filozofie medicíny. Výzkumný záměr byl úspěšně ukončen a obhájen v r. 2004.
Vedle pregraduální výuky medicíny a bakalářských oborů ústav zajišťuje postgraduální vzdělávání ve dvou oborech, v kterých fakulta získala akreditaci: prvním je „Lékařská psychologie a psychopatologie“ a druhým pak „Lékařská etika.“ Od r. 2006 je ústav díky své psychofyziologické laboratoři spoluřešitelem Centra pro neuropsychiatrický výzkum traumatického stresu.
V současné době je Ústav pro humanitní studia v lékařství 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze stabilní a respektovanou součástí fakulty s jasně vymezenými úkoly a dobrou spoluprací s blízkými ústavy a klinikami fakulty. Snažíme se být otevření ke změnám, což je hlavním předpokladem dalšího rozvoje ústavu.
Výzkumný záměr "Cíle medicíny: kvalita života" se zabývá normativním bádáním v oblasti medicíny, výzkumem kvality života a zdraví. Takové bádání vyžaduje odlišný heuristický přístup. Obvyklé empirické zakotvení zde samo o sobě selhává: pouhá četnost výskytu jistého jevu v přírodě či populaci není argumentem ve prospěch toho, že jde o něco, co má být.
Pro obtížnost řešení těchto otázek byly vybrány poněkud odlišné metody a v souladu s nimi byly vytvořeny celkem tři skupiny:
Výsledky jsou publikovány v českých i zahraničních periodikách či monografiích a přednášeny na konferencích všech úrovní, přičemž vlastní výzkum je řízen z Centra pro bioetiku Ústavu pro humanitní studia v lékařství, 1. lékařská fakulta, Universita Karlova.
Podél cesty spojující Pražský hrad a Vyšehrad vznikala již před založením Nového Města v místech Karlova náměstí opevněná šlechtická sídla, která zajišťovala šlechtě bezpečnost. Takový dvorec v držení vévodů Opavských, přední zemské šlechty, vznikl i nad skalkou dnešního kostela sv. Jana Nepomuckého. Dvůr Opavských byl později začleněn do půdorysu Nového Města; poprvé je zmiňován v roce 1378. Z jednotraktového objektu paláce s nárožní věží a vnějším točitým schodištěm se zachovalo zdivo přízemí. Protože vévodové stáli v době husitských válek na straně katolíků a krále, byl dvůr v roce 1420 vyvlastněn a od r. 1432 patřil novoměstskému rychtáři Petrovi. Opavský vévoda Václav (známý svým zájmem o alchymii - odtud snad pozdější faustovská pověst) dosadil jako správce písaře Prokopa, který za vynaložené výdaje dostal do zástavy vlastnické právo.
V roce 1444 je palác popisován jako "velice pobořený, zkažený a opuštěný". Prokop zemřel v roce 1482 a deskový dům koupil v r. 1501 Jaroslav Kapoun ze Svojkova. Ten byl v roce 1537 sťat a konfiskovaný dům byl královskou milostí darován Piramu Kapounovi ze Svojkova. O rok později jej získal osobní lékař Ferdinanda I., Jan Kopa z Raumenthalu. Následně byl dům několikrát prodán a v r. 1565 zastaven pražskému císařskému hejtmanovi kladského hrabství Kryštofu Muchkovi z Bujkovsa na Voseku.
Koncem 16. století palác vlastnil Eduard Talbot zvaný Kelley, anglický dobrodruh a dvorní alchymista Rudolfa II. Kolem r. 1618 byly provedeny renesanční úpravy. Z té doby pochází, členění jednopatrového průčelí. V r. 1721 dům získal rytíř Ferdinand Antonín Mladota ze Solopysk; v majetku jeho rodiny byl palác až do 19. stol. V té době krystalizuje faustovská pověst (Josef Mladota se totiž zajímal i o chemii a fyziku) a pověsti o tajných chodbách vedoucích k radnici a na popravčí místo (při barokní přestavbě byly zasypány rozsáhlé sklepy; neprůchodné sklepy zřejmě živily fantazii). Barokní stavební úpravy proběhly v letech 1736 - 1750 a po r.1769, kdy arcibiskupská konzistoř odkoupila západní křídlo paláce a nechala je upravit na faru kostela sv. Jana Na Skalce podle plánu Antona Schmidta. František Mladota dům kvůli dluhům prodal v r. 1810.
V r. 1838 koupil palác Soukromý ústav pro hluchoněmé, jehož ředitelství dalo v r. 1856 zbořit přízemní kůlny a podle plánu Josefa Maličkého doplnit dvůr dvěma křídly. V r. 1890 ústav koupil zpět západní křídlo paláce upravené na faru.
V r. 1902 koupila objekt Všeobecná nemocnice a byly provedeny drobnější úpravy a přístavby. Při náletu v r. 1945 byl palác poškozen několika zásahy bomb a následně restaurován. Od r. 1966 ve Faustově domě sídlilo ředitelství Ústavu národního zdraví hl.m.Prahy.
V roce 1991 pražský magistrát objekt pronajímá l. lékařské fakultě UK za symbolickou jednu korunu ročně. Od r. 1992 se stal sídlem (snad v návaznosti na faustovskou tradici) Ústavu pro humanitní studia v lékařství a v r. 1996 se do Faustova domu přestěhoval Ústav cizích jazyků 1. lékařské fakulty UK.
V letech 1996 až 1997 byly prof. J. Toroněm restaurovány malby v přízemí arkýře, 2.5.1997 byl otevřen Akademický klub 1. LF UK. Prostor Faustova domu se využívá pro přednášky, kursy a semináře, konají se zde také četné kulturní akce.
Z nejnovější historie je významné datum 4.7. 2003, kdy budova částečně vyhořela. Vše zlé se však v dobré obrátilo, neboť následovala velkorysá rekonstrukce a modernizace budovy. Další modernizace proběhla v r. 2009.